集菌器的作用是檢驗供試品是否含菌的儀器，配套集菌培養器使用。主要用于注射用無菌制劑的無菌檢測，包括抗生素類及含有抑菌成份的藥品、大輸液、水針劑、滅菌醫療器具、無菌注射用水等。
工作原理：
集菌器是集菌培養器的配套使用儀器，通過集菌儀的定向蠕動加壓作用，供試品被過濾并在濾器內進行培養，以檢驗供試品是否含菌。
檢測過程：
供試品通過進樣管道連續被注入集菌培養器中，利用集菌培養器內形成的下壓，通過0.45微米孔徑的濾膜過濾，供試品中可能存在的微生物被截留收集在濾膜上，通過沖洗濾膜除去供試品的抑菌成分。然后把所需培養基通過進樣管道直接注入集菌培養器中，放置規定的溫度培養，觀察是否有長菌現象。
集菌器的操作說明：
1.取出培養器先檢查包裝是否完好無損，在無菌室內打開塑料包裝袋。
2.將培養器逐個插放在不銹鋼座上。
3.將集菌培養器的彈性軟管裝入集菌儀泵頭，要求定位準確，軟管走勢順暢。
4.打開待檢樣品的瓶蓋插針孔并消毒之，（若檢測安瓿樣品，先將安瓿頸部消毒，然后打開并將安瓿）樣品瓶定位。
5.拔去進樣雙芯針管之護套，插入樣品瓶中，開啟集菌器，實施過濾集菌（應避免雙芯針管進氣，濾膜被藥液浸濕，影響進氣）。
6.完成集菌后，若樣品含抑菌物質，按藥典 規范要求適當用沖洗液清洗，清洗方法與集菌過程相同。
7.消毒培養基瓶插針孔處。
8.摘下頂部空氣濾器開口的膠塞，套在培養器底口上，用軟管夾子，依次開閉軟管，開啟集菌器，將培養基泵放入培養器內。
9.用夾片夾閉與培養器連接部的軟管，留下5～6cm軟管，剪除其余部分，并將開口端插在空氣過濾器開口上。
10.分別按規定進行培養。
11.觀察培養情況，若需取樣分離培養，可將軟管消毒，用無菌注。
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